Con Colin Baker los ochenta llegaron a Doctor Who. Elegido como sucesor de Peter Davison, era el único Doctor que apareció antes en la serie interpretando otros papeles. Su primera aparición como Sexto Doctor fue en los últimos minutos del serial The Caves of Androzani y se alargó durante tres temporadas entre los años 1984-86. Este periodo se vio interrumpido durante un periodo de 18 meses a causa de un hiato que sufrió el actor, alejándolo de la pantalla, aunque continuó con varias historias radiofónicas. Como resultado, el suyo fue el Doctor con el paso más breve en toda la historia de la serie.
Quizás lo más destacable de esta encarnación del Doctor es su rimbombante atuendo. Su paraguas arcoíris y la ropa con diseños multicolores chillones, que pretendían reflejar su personalidad volátil. Colin Baker propuso que su Doctor vistiera de negro, para insinuar la personalidad oscura de su personaje, pero al final los productores optaron por el traje que tanto ha dado que hablar. En cuanto a su personalidad, se comportaba de forma egoísta e impredecible, dado a frecuentes cambios de humor, actitudes maniáticas y carácter petulante. Aunque a la vez se mostraba elocuente, apasionado y continuaba teniendo un gran sentido moral. Pese a ello, solía ningunear a sus companions, en especial a Peri Brown, quien compartió las diferentes personalidades que tuvo el Doctor entre su quinta y sexta encarnación.
Durante esta etapa, los episodios se vuelven hacia un tono más sombrío, cercanos a los de los primeros tiempos de la serie. Los seriales cambian, se acorta el número de episodios y aumentan el tiempo de duración de veinte a cuarenta y cinco minutos. Empiezan a aparecer temas más oscuros que son resueltos con más violencia de la habitual, con personajes que llegan a ser incluso desagradables y con tramas más próximas al 1984 de Orwell. Hay una escena durante la presentación del Doctor donde es inusualmente violento, incluso intenta estrangular a Peri inconscientemente antes de regenerarse completamente y recobrar todos sus sentidos. La intención era crear un Doctor que gradualmente fuera revelando su alma y buen corazón.
Durante esta etapa vuelve a la serie The Master, así como los Cybermen, los eternos e infatigables Daleks e incluso los Sontarans. Como novedad, el Doctor tiene una aventura con la participación de su segunda regeneración, en un serial ambientado y rodado en Sevilla. Además, se presentan a nuevos personajes como la Señora del Tiempo, Rani, que se convierte en una suerte de némesis del Doctor.
Continuando con el tono oscuro de las historias, llega un momento en el que Peri llega a ser asesinada en uno de los seriales, al ser cruelmente utilizada como sujeto en experimentos en trasplantes de cerebro. Debido a esto, y al robo de los secretos de los Señores del Tiempo, el Doctor fue sometido a juicio por su propia raza. El fiscal del juicio, el Valeyard, mantenía un maléfico secreto que fue desvelándose poco a poco durante la trama de la última temporada. Como resultado se creó una paranoia mental que cambió la línea temporal del Doctor.
Las causas de su siguiente regeneración no quedaron del todo claras. La TARDIS sufre un ataque por parte de Rani, donde resulta herido el Doctor, dando pie así a la llegada del Séptimo Doctor, aunque la verdadera causa de la regeneración nunca ha sido revelada en pantalla. El final abrupto de esta etapa hay que encontrarlo en la mala relación entre el productor Michael Grade y Colin Baker. Era notorio que para el productor Colin Baker no era de su agrado, lo que empezó a crear grandes tensiones y problemas, generando el desencanto de Colin Baker, terminando antes de tiempo la participación que había firmado para cuatro años. Pese a todo, se le ofreció a Baker la oportunidad de aparecer en los cuatro primeros episodios de la temporada 24, pero él rechazó la oferta, como también participar en la escena de regeneración en la que aparecería el siguiente Doctor.
Via Revista Magnolia